Batman Ninja vs Yakuza League Gotham, gökyüzünden süzülen Yakuza savaşçılarıyla sarsılırken Batman ve Robin, bu kaosun ardındaki gizemi çözmeye çalışır. Japonya'nın yerini, geçmişten kopup gelmiş gibi görünen "Hinomoto" adlı gizemli bir ada almıştır. Batman, bu dünyada yozlaşmış Adalet Birliği’nin “Yakuza Ligi” olarak yeniden doğduğunu keşfeder. Suç lordları ve savaşçı klanlarla dolu bu alternatif evrende, Gotham’ın ve kendi dünyasının kaderini belirlemek için eski ve yeni müttefikleriyle büyük bir mücadeleye girişir.
